= ピクセル検出器データの解析 =
<<TableOfContents>>

== 解析環境の準備 ==

=== シェルの設定 ===
シェル設定ファイル（~/.zshrc）に以下の2行を追加する。ファイルの最後の方にあればよい。
{{{
export ATLAS_LOCAL_ROOT_BASE=/cvmfs/atlas.cern.ch/repo/ATLASLocalRootBase
alias setupATLAS='source ${ATLAS_LOCAL_ROOT_BASE}/user/atlasLocalSetup.sh'
}}}
これでsetupATLASというコマンドを実行できるようになり、これを実行することでいつでもATLASのソフトウェア環境の準備をできる。

=== AnalysisBaseを用いた環境設定 ===
ATLASで使う解析用のソフトウェア用にディレクトリを用意する。空のディレクトリ（ここではaswとする）を作って、その下にさらにsource, build, runというディレクトリを作る。
sourceの下にソフトウェアのソースコードを管理する。buildはCMakeでソフトウェアをコンパイルするための作業ディレクトリで、runはプログラムを実行するディレクトリである。
まず解析を始めるにあたって環境設定のために以下のコマンドを実行する。
{{{
setupATLAS
lsetup git
}}}
これはどのディレクトリで行ってもよい。次にasw/sourceに移動してgitからソースコードを取ってくる。
初めてgitによりATLASのオフラインソフトウェア（athena）を使う場合はathenaのgitレポジトリから
自分専用のレポジトリを予め作る（fork）必要がある。そのための手順は[[https://atlassoftwaredocs.web.cern.ch/gittutorial/gitlab-fork/|gitlab fork]]を参照。
{{{
cd asw/source
git clone https://:@gitlab.cern.ch:8443/tkohno/athena.git
cd athena
git remote add upstream https://:@gitlab.cern.ch:8443/atlas/athena.git
}}}
これには数分かかることもある。この後念のため手元（ローカル）のコードを最新版に更新する。
{{{
git fetch remote
}}}
予めコンパイルされたATLASのソフトウェアのライブラリやプログラムがこの段階で
使えるようになっている。ただし、普通は自分が行う解析用にプログラムを書く必要がある。

=== 自分のコードを加える ===
ソフトウェアをダウンロードしてきたら、開発環境を用意する。
{{{
cd asw/source
asetup AnalysisBase,2.6.2,here
}}}
プログラムをコンパイルする作業用ディレクトリに移動する。そして、package_filters.txtというファイルの雛形をasw/にコピーしてくる。
{{{
cd asw/build
cp ../source/athena/Projects/WorkDir/package_filters_example.txt ../package_filters.txt
}}}
package_filters.txtは実際にコンパイルするパッケージ（ライブラリ）のリストである。

=== コードをコンパイルする ===
コンパイルにはcmake, make, make installを順番に実行する必要がある。cmakeはMakefileを生成するため、makeは実際に各ライブラリをコンパイルするため、そしてmake installはコンパイルしたライブラリを適切なディレクトリにコピーするためである。
作業はasw/buildディレクトリ内で行う。
{{{
cd asw/build
cmake -DATLAS_PACKAGE_FILTER_FILE=../package_filters.txt ../source/athena/Projects/WorkDir
make
make install
}}}

== Gitを利用した解析環境の準備 ==
[[https://twiki.cern.ch/twiki/bin/viewauth/AtlasComputing/SoftwareTutorialAnalysisInGitReleases|チュートリアル]]<<BR>>

=== 例：PixelAnalysisEnv ===
Gitlabに解析環境を整えたプロジェクトを作成した。[[https://gitlab.cern.ch/ochanomizu/PixelAnalysisEnv|Gitlabへのリンク]]
このプロジェクト自体は中身がほぼ空で、
 " Athena
 " Run2PixelAnalysis
という2つのプロジェクトをsubmoduleとして含んだものである。
<<BR>>
事前準備
{{{
mkdir asw
cd asw
mkdir source build run
cd source
git clone --recursive https://gitlab.cern.ch/ochanomizu/PixelAnalysisEnv
cd PixelAnalysisEnv
git checkout
}}}
毎回、開発を始める前に行うこと
{{{
setupATLAS
lsetup git
cd asw/build
asetup AnalysisBase,21.2.0,here
cmake -DATLAS_PACKAGE_FILTER_FILE=../source/PixelAnalysisEnv/package_filters.txt ../source/PixelAnalysisEnv
make
}}}
プログラムを走らせる前に必要な設定
{{{
cd asw/build
source x86_64-slc6-gcc62-opt/setup.sh (source $BINARY_TAG/setup.sh)
cd asw/run
runTrackHitCount
}}}
何回も走らせ直すときはディレクトリを削除する必要があるので
{{{
cd asw/run
rm -fr submitDir
}}}
をやってから走らせる。